Trước khi gia nhập Đại học Fulbright Việt Nam, Tiến sĩ Nguyễn Nam là Giảng viên của Trường ĐH KHXH&NV và ĐH Quốc gia TP. HCM. Ông từng là Giảng viên Văn học Việt Nam cổ cận đại và Tiếng Việt tại ĐH Tổng hợp TP. HCM, và cũng dạy về các hệ thống văn tự ở Việt Nam thời cổ cận đại, bao gồm văn ngôn Hán văn Việt Nam và chữ Nôm.

Sau khi nhận bằng Thạc Sỹ chuyên ngành Đông Á học và bằng Tiến sĩ chuyên ngành Ngôn ngữ và Văn minh Đông Á (EALC) tại trường ĐH Harvard, ông phụ trách Quản lý Chương trình Tiến sĩ của Viện Harvard-Yenching (HYI). Ông cũng là Giáo viên chữ Nôm của chương trình Học tập độc lập của Khoa EALC, ĐH Harvard. Trong bộ sách Phiên dịch học lịch sử – văn hóa: Trường hợp Truyền kỳ mạn lục do ĐH Quốc gia TP. HCM  xuất bản năm 2002, ông khảo sát những vấn đề phiên dịch liên quan đến việc lưu truyền và tiếp nhận văn bản trong những bối cảnh lịch sử và văn hoá cụ thể. Tiến Sĩ Nguyễn Nam đã từng thực hiện khá nhiều nghiên cứu tại các nước Đông Á như Nhật Bản và Đài Loan. Trọng tâm nghiên cứu của ông bao gồm văn học so sánh (chủ yếu về văn học Đông Á), phiên dịch học, và cải biên học. Ông hiện cũng là Cộng tác viên của Viện Harvard-Yenching.