Sinh năm 1950 trong một gia đình có nhiều thế hệ theo nghề giáo, Tiến sĩ Bùi Trân Phượng hoàn thành chương trình trung học Pháp tại trường Marie Curie, đậu Tú tài hạng Ưu, và đi du học Pháp vào năm 1968. Bà tốt nghiệp cử nhân Lịch sử tại Đại học Paris I, Pháp (1972); tốt nghiệp Thạc sĩ tại Đại học Paris VII, Pháp (1994). Ngoài kinh nghiệm nhà quản lý giáo dục, bà còn là nhà nghiên cứu khoa học và một nhà giáo say mê. Các công trình nghiên cứu của bà tập trung vào lịch sử cận hiện đại Việt Nam, đặc biệt là lịch sử của phụ nữ Việt Nam. Đề tài luận án tiến sĩ của bà là: “Việt Nam 1918 – 1945, giới và hiện đại: những nhận thức và trải nghiệm mới” (“Viet Nam 1918-1945, genre et modernité. Émergence de nouvelles perceptions et expérimentations”). Những công trình nghiên cứu của bà luôn được các nhà khoa học quốc tế đánh giá là có cái mới về tri thức cũng như phương pháp. Từ năm 1996 đến 2016, bà là Hiệu trưởng trường Đại học Hoa Sen, TP. Hồ Chí Minh. Hiện nay bà là sáng lập viên NES Education và thành viên Hội đồng Trường Đại học Thái Bình Dương, Nha Trang.